🧬 PhageBioToolbox
噬菌体基因组在线分析平台 | 集成 PhaBOX2 + PhageScope
🔬 分析配置
PhaBOX2
本地分析·全流程·数据不上传
PhageScope
Web分析·注释评估·数据上传
{{ taskDescriptions[phaboxTask] }}
完整性评估、宿主预测、分类注释等综合分析
⚙️ 高级参数
过短的序列可能影响分析准确性
AAI 阈值越高，分类越严格
⚠️ 注意：PhageScope 分析需要将序列数据上传至外部服务器。
如需完全本地分析，请使用 PhaBOX2。
📄 输入序列
📂
拖拽 FASTA 文件到此处，或点击选择文件
支持 .fa, .fasta, .faa, .fna, .ffn（最大 200MB）
{{ fastaStats }}
{{ fastaError }}
{{ submitMsg }}
📚 工具说明
🐐 PhaBOX2
香港城市大学开发的噬菌体综合分析工具，支持 ICTV 2024 最新分类标准。 数据在服务器本地处理，不上传至外部服务器。
| 任务 | 说明 |
|---|---|
| 🔬 全流程 | 病毒鉴定 + 分类 + 宿主 + 生活方式 + 蛋白注释 |
| 🦠 PhaMer | 识别序列中的噬菌体/病毒片段 |
| 🧬 PhaGCN | 基于图神经网络的分类学分类（支持物种级） |
| ⚡ PhaTYP | 预测噬菌体生活方式（溶原性/裂解性） |
| 🦠 CHERRY | 多策略宿主预测（CRISPR + BLAST + k-mer） |
| 🔍 contamination | 检测污染序列和前噬菌体区域 |
| 📊 vOTU | 基于 ANI/AAI 的病毒操作分类单元分组 |
| 🌳 tree | 基于标记基因（terL/portal 等）构建系统发育树 |
🌐 PhageScope
香港城市大学李帅成课题组开发的噬菌体数据库和分析平台， 收录 873,718 条噬菌体序列，提供综合注释功能。
| 功能 | 说明 |
|---|---|
| 📝 注释分析 | 完整性评估、宿主分配、生活方式预测、分类注释 |
| 📈 基因组比较 | 与数据库中的噬菌体进行比较分析 |
| 🔎 序列搜索 | 在 PhageScope 数据库中搜索相似序列 |
🕐 最近任务
{{ job.job_id }}
📋 所有任务
⟳ 加载中...
暂无任务记录
{{ job.job_id }}
{{ job.message }}
{{ job.status }}
📁 结果查看
✅ 分析完成！
❌ 分析失败：{{ resultData.message }}
📊 分析摘要
{{ JSON.stringify(resultData.summary, null, 2) }}
📄 结果文件
🖼️ 结果截图
📖 使用文档
🔬 开始分析
- 在「提交分析」页面输入 FASTA 格式的噬菌体基因组序列
- 选择分析平台（PhaBOX2 本地分析 或 PhageScope 在线分析）
- 选择分析任务类型（如「全流程分析」）
- 点击「提交分析任务」
- 在「任务列表」中查看进度，完成后查看结果
📡 API 接口
本平台提供 REST API，支持程序化调用：
# 提交 PhaBOX2 任务
curl -X POST http://localhost:5000/api/phabox/submit \
-H "Content-Type: application/json" \
-d '{"fasta_content": ">seq1\nATCG...", "task": "end_to_end"}'
# 查询状态
curl http://localhost:5000/api/phabox/status/{job_id}
# 获取结果
curl http://localhost:5000/api/phabox/result/{job_id}
# 提交 PhageScope 任务
curl -X POST http://localhost:5000/api/phagescope/submit \
-H "Content-Type: application/json" \
-d '{"fasta_content": ">seq1\nATCG...", "mode": "annotation"}'
⚙️ 参数说明
| 参数 | 说明 | 默认值 |
|---|---|---|
| --len | 最小序列长度（过短序列会被过滤） | 3000 |
| --aai | 平均氨基酸一致性（分类阈值） | 75 |
| --share | 最小共享蛋白数 | 15 |
| --pcov | 蛋白覆盖度 | 80 |
| --reject | 拒绝非病毒序列的蛋白比例阈值 | 10 |
| --ani | vOTU ANI 聚类阈值 | 95 |
🔧 系统状态
⟳ 检查中...
| 检查项 | 状态 |
|---|---|
| API 服务 | {{ healthData.checks.api }} |
| SSH 服务器连接 | {{ healthData.checks.server_connection }} |
| PhaBOX2 安装 | {{ healthData.checks.phabox_installed }} |
| PhageScope | {{ healthData.checks.phagescope }} |
服务器时间: {{ healthData.timestamp }}